La colección cuenta con 9.619 ejemplares pertenecientes a 412 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como África, Argentina, Australia, Bolivia, Brasil, Cuba, Ecuador, Egipto, España, Estados Unidos, Filipinas, Haití, Hungría, Perú, Rusia, Taiwán, Tailandia, Uruguay y Venezuela. Actualmente, 721 ejemplares de tortugas y geckos han sido digitalizados en formato interno y Darwin Core, los cuales se encuentran pubicados en GBIF.
Colección de Peces: cuenta con 1.472 muestras y 20.814 individuos representados por 267 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Argentina, Australia, Brasil, Canadá, España, Estados Unidos, India, México, Panamá y Venezuela. Actualmente la totalidad de ejemplares han sido digitalizados en formato interno, su estandarización y publicación en formato Darwin Core se encuentra en proceso.
Colección de Moluscos: está confirmada por 30.000 ejemplares distribuidos en 333 familias, provenientes mayoritariamente de Chile, incluyendo una extensa lista de países: Alemania, Antártica, Argentina, Australia, Austria, Bélgica, Belice, Bolivia, Brasil, Canadá, Croacia, Dinamarca, Ecuador, Escocia, España, Estados Unidos, Filipinas, Fiyi, Francia, Holanda, Honduras, Islandia, Israel, Italia, Jamaica, Japón, Marruecos, México, Noruega, Nueva Zelanda, etc. Actualmente, 337 ejemplares han sido digitalizados y estandarizados en Darwin Core, de los cuales 138 ejemplares de poliplacóforos se encuentran publicados en GBIF y OBIS, mientras que los restantes corresponden a lepetélidos y su publicación está en proceso.
Colección de Mamíferos: cuenta con 1.920 ejemplares representados por 123 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Alemania, Argentina, Brasil, España, Estados Unidos, Hungría, Italia, México, Perú y Uruguay. Actualmente 1.329 ejemplares han sido digitalizados en formato interno y estandarizados en formato Darwin Core, su publicación en GBIF se encuentra en proceso. (Fotos colección Mammalia)
Colección de Insectos: es la colección más grande del Museo de Zoología, estimándose un total de 500.000 ejemplares aproximadamente, representando más de 330 especies. Los ejemplares provienen principalmente de Chile y de otros lugares del mundo como Estados Unidos, Perú, Bolivia, Brasil, Argentina, España, Egipto, Francia, Congo, Polonia, Arabia Saudita, etc. Hasta la fecha, se han digitalizado internamente 900 coleópteros, 2.000 lepidópteros y 2.811 dípteros. En GBIF, se encuentran publicados 2.000 lepidópteros y 854 dípteros, mientras que la publicación de coleópteros está en proceso. (Fotos colección Insecta)
Colección de Foraminíferos: está conformada por 715 muestras y 11.842 individuos que representan más de 232 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Alemania, Argentina, Cuba, El Salvador, Estados Unidos, Indonesia y México. Actualmente la totalidad de ejemplares ha sido digitalizada en formato interno y se encuentran publicados en GBIF. Actualmente se encuentra en crecimiento, donde se están realizando nuevos ingresos al museo
Colección de Equinodermos: posee 5.821 ejemplares que representan más de 100 especies, provenientes principalmente de Chile, Antártica y Estados Unidos. Actualmente, 569 muestras y 2370 individuos han sido digitalizados en formato interno. En cuanto a la publicación de datos, 48 ejemplares de crinoideos están disponibles en GBIF y OBIS. (Fotos colección Echinodermata)
Colección de Crustáceos: cuenta con 15.886 ejemplares representados en 328 especies, provenientes principalmente de Chile, además de localidades como Argentina, Perú, Estados Unidos, Brasil y Vietnam. Actualmente, 429 muestras y 4.930 individuos han sido digitalizados en formato interno. En cuanto a la publicación de datos en acceso abierto, 144 ejemplares de copépodos están disponibles en GBIF y OBIS bajo el estándar Darwin Core.
Colección de Quelicerados: posee un total de 11.446 ejemplares distribuidos en 288 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Alemania, Argentina, Brasil, Colombia, Ecuador, El Salvador, España, Estados Unidos, Francia, India, Kenya, Malasia, Marruecos, México, Sudáfrica, Uruguay y Venezuela. Actualmente 165 ejemplares de arañas han sido digitalizados en formato interno, su estandarización y publicación en formato Darwin Core se encuentra en proceso.
Los ejemplares que conforman estas colecciones han sido recolectados desde el año 1.908 hasta la actualidad, principalmente en Chile y abarcando el territorio continental, sus mares, islas como el Archipiélago de Juan Fernández, Rapa Nui, así como también la Antártica Chilena. Esta amplia cobertura geográfica refleja una representación importante de la biodiversidad nacional, desde los ecosistemas costeros y marinos hasta las regiones más polares. No obstante, también se resguardan ejemplares provenientes de diversas partes del mundo.