La colección cuenta con 9.619 ejemplares pertenecientes a 412 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como África, Argentina, Australia, Bolivia, Brasil, Cuba, Ecuador, Egipto, España, Estados Unidos, Filipinas, Haití, Hungría, Perú, Rusia, Taiwán, Tailandia, Uruguay y Venezuela. Actualmente, 721 ejemplares de tortugas y geckos han sido digitalizados en formato interno y Darwin Core, los cuales se encuentran pubicados en GBIF.

Colección de Peces: cuenta con 1.472 muestras y 20.814 individuos representados por 267 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Argentina, Australia, Brasil, Canadá, España, Estados Unidos, India, México, Panamá y Venezuela. Actualmente la totalidad de ejemplares han sido digitalizados en formato interno, su estandarización y publicación en formato Darwin Core se encuentra en proceso.

Colección de Moluscos: está confirmada por 30.000 ejemplares distribuidos en 333 familias, provenientes mayoritariamente de Chile, incluyendo una extensa lista de países: Alemania, Antártica, Argentina, Australia, Austria, Bélgica, Belice, Bolivia, Brasil, Canadá, Croacia, Dinamarca, Ecuador, Escocia, España, Estados Unidos, Filipinas, Fiyi, Francia, Holanda, Honduras, Islandia, Israel, Italia, Jamaica, Japón, Marruecos, México, Noruega, Nueva Zelanda, etc. Actualmente, 337 ejemplares han sido digitalizados y estandarizados en Darwin Core, de los cuales 138 ejemplares de poliplacóforos se encuentran publicados en GBIF y OBIS, mientras que los restantes corresponden a lepetélidos y su publicación está en proceso.

Colección de Mamíferos: cuenta con 1.920 ejemplares representados por 123 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Alemania, Argentina, Brasil, España, Estados Unidos, Hungría, Italia, México, Perú y Uruguay. Actualmente 1.329 ejemplares han sido digitalizados en formato interno y estandarizados en formato Darwin Core, su publicación en GBIF se encuentra en proceso. (Fotos colección Mammalia)

Colección de Insectos: es la colección más grande del Museo de Zoología, estimándose un total de 500.000 ejemplares aproximadamente, representando más de 330 especies. Los ejemplares provienen principalmente de Chile y de otros lugares del mundo como Estados Unidos, Perú, Bolivia, Brasil, Argentina, España, Egipto, Francia, Congo, Polonia, Arabia Saudita, etc. Hasta la fecha, se han digitalizado internamente 900 coleópteros, 2.000 lepidópteros y 2.811 dípteros. En GBIF, se encuentran publicados 2.000 lepidópteros y 854 dípteros, mientras que la publicación de coleópteros está en proceso. (Fotos colección Insecta)

Colección de Foraminíferos: está conformada por 715 muestras y 11.842 individuos que representan más de 232 especies, provenientes principalmente de Chile y de otros países como Alemania, Argentina, Cuba, El Salvador, Estados Unidos, Indonesia y México. Actualmente la totalidad de ejemplares ha sido digitalizada en formato interno y se encuentran publicados en GBIF. Actualmente se encuentra en crecimiento, donde se están realizando nuevos ingresos al museo